Die Firma Atmel bietet mit dem AVR Studio eine kostenlose IDE mit Assembler, Debugger und Programmer zur freien Benutzung an. Die IDE ist vergleichbar mit Visual Studio von Microsoft: Unter einer gemeinsamen Benutzeroberfläche gibt es einen Quelltext-Editor, Debugger, Simulator und die Möglichkeit zur Übertragung des Programmes auf den Mikrocontroller. Ausserdem kann der GNU C-Compiler in die IDE integriert werden.
Der Mikrocontroller kann auch in Basic ist mit dem BASCOM-AVR Compiler programmiert werden. Dieser kommerzielle Compiler wird mit einer IDE und einer umfangreichen Library zur Ansteuerng von Peripheribausteinen wie LCD-Displays geliefert. Eine abgespeckte Version ist ebenfalls frei verfügbar.
Einen einfachen Einstieg in die Mikrokontrollerprogrammierung bietet die "Ardunio"-Platform. Relativ preiswerte Mikrocontroller-Boards mit können in einer komfortablen Entwicklungsumgebung programmiert werden. Der Download des Programmes auf den Mikrokontroller erfolgt einfach über ein USB Kabel.